Za vedení Akademie je odpovědná akademická rada v čele s prezidentem, který je jejím statutárním orgánem a má právo jednat jménem Akademie ve všech věcech. Dalšími členy rady jsou viceprezident, sekretář a ekonom.
Studium kanonického práva
asistent: R. D. ICDr. ThDr. Miloš Kohútek, Ph.D.
Studium manželství a rodiny
sekretářka: MUDr. Maria Fridrichová
Studium zasvěceného života
sekretářka: S. M. Ing. Mgr. Krista Ludmila Chládková, OP
Vydavatelství AKP
šéfredaktor: Mons. Mgr. Karel Orlita, JU.D.
technický redaktor: R. D. Mgr. Jiří Plhoň
distribuce knih: Lucie Šidlová